株式譲渡と事業譲渡の違いは？どちらを選ぶか（売り手目線でわかりやすく）

2026年6月時点の情報です

2026年6月時点。会社を第三者に引き継ぐとき、大きく分けて「株式譲渡」と「事業譲渡」の2つの方法があります。どちらを選ぶかで、手続きの重さも、手元に残るお金も変わります。違いを順番に見ていきましょう。

結論から

会社をまるごと引き継いでもらうのが株式譲渡、特定の事業だけを切り出して売るのが事業譲渡です。中小企業の第三者承継では株式譲渡が多数派ですが、税金と「簿外債務（見えない負債）」の扱いで手取りが大きく変わるため、どちらの器を使うかが肝心です。

2つの方法は「何を売るか」が根本的に違う

会社を第三者に引き継いでもらう方法は、大きく2つあります。違いは「何を売るのか」です。

たとえるなら、株式譲渡は「家を建物ごと引き渡す」、事業譲渡は「家具や設備を選んで運び出す」イメージです。中小企業のM&Aでは、手続きが比較的かんたんな株式譲渡が多く使われています。

売り手として知っておきたい違いを、5つの軸で整理します。

比べる点	株式譲渡	事業譲渡
何が移るか	会社まるごと（包括）	選んだ事業だけ（個別）
手続きの重さ	比較的かんたん（株主の変更が中心）	煩雑（資産・契約・許認可を1つずつ移す）
簿外債務（見えない負債）	引き継いでしまう	切り離せる（買い手が選別）
許認可	原則そのまま続く	取り直しが必要なことが多い
売り手の税金	個人株主の譲渡益に約20.315%（申告分離課税）	会社に法人税・消費税。手元に出す段階でさらに課税されがち

とくに差が出るのが、税金と簿外債務です。

株式譲渡で個人の株主が得た利益（譲渡益）には、申告分離課税がかかります。内訳は所得税15%・住民税5%・復興特別所得税0.315%で、合計20.315%。会社の規模や利益が大きくても税率は一定です（2037年までは復興特別所得税が上乗せされます）。

一方、事業譲渡では、売却するのは「会社（法人）」なので、まず会社に法人税がかかり、対象によっては消費税も発生します。さらにそのお金を社長個人が受け取る段階で、また課税されることがあります。

このため、同じ「会社を売る」でも、株式譲渡か事業譲渡かで手取りが数千万円単位で変わることも珍しくありません。どちらが有利かは自社株の評価額などで変わるので、ここは必ず専門家に試算してもらう部分です。

株式譲渡は会社まるごとを引き継ぐので、もし帳簿に載っていない借金や未払い・係争などの「見えない負債」があると、それも買い手に引き継がれてしまいます。だから買い手は会社の中身を細かく調べます（デューデリジェンス）。売り手も、自社の状態をあらかじめ棚卸ししておくと、話がスムーズです。

事業譲渡では買い手が欲しいものだけ選べるので、こうした負債を避けやすい反面、売り手には競業避止義務がかかります。これは「譲渡した事業と同じ商売を、一定期間・一定の地域でしてはいけない」というルールです（会社法の原則では20年）。引退ではなく別事業を続けたい人は、ここを必ず確認してください。

中小企業の第三者承継では株式譲渡が多数派ですが、事情によっては事業譲渡が正解になることもあります。判断の前に、この3つを進めてください。

器の選び方は、会社の値段そのものより手取りを左右することがあります。急がず、順番に確かめていきましょう。

気をつけたいこと

株式譲渡と事業譲渡では、売り手にかかる税金の種類も金額もまったく違い、場合によっては数千万円単位で差が出ることもあります。どちらが有利かは、自社株の評価額・取得費・引き継ぐ事業の中身によって変わります。一般論で決めず、必ず税理士など専門家に自社のケースで試算してもらってください。

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ご注意

これは一般的な解説です。制度の適用可否や金額・窓口情報は個別の状況や時期で異なります。具体的な判断は税理士・専門家、または各都道府県の事業承継・引継ぎ支援センターにご相談ください。最新情報は必ず公式サイトでご確認ください。